臥式搖床具有加熱和制冷的雙向控溫功能，它可根據用戶的試驗要求，加快或減慢臥式搖床的（升溫、降溫）速度，這也是智能型臥式搖床獨有的功能。這獨有的功能如操作不當，往往會給實驗過程造成負面影響。
臥式搖床室溫以上的操作方式：以設定37度為例，當溫度升至30度左右時，搖床的加溫速度會降慢，溫度升至36度時，升溫會很緩慢。這種升溫方式目的是為了達到溫度控制的精確性和穩定性，所以搖床溫度設定37度時，溫度過沖不超過0.2度，之后溫度就會往下回，這樣極大地保護了樣品的安全性。當恒溫搖床溫度穩定后其溫度的控制精度為正負0.1度。
臥式搖床室溫以下的操作方式：低溫運行時，可以分為壓縮機頻繁啟動和壓縮機常開二種方式，當恒溫搖床 溫度設置15度以下時，我們建議壓縮機選擇常開，這樣有利于保溫度控制的精度。當臥式搖床溫度設置15度以上時，可選擇壓縮機頻繁啟動，這時搖床溫度的穩定性會降低，會有正負0.5度范圍內的波動，此時如果用戶對實驗溫度要求較高時，也可選擇常開壓縮機這樣溫度更穩定，溫度波動范圍更小。所以選擇何種方式制冷，要根據使用者的實際需求再選擇。
