消泡系統對好氧發酵過程是非常重要的。發酵罐的裝液量一般不能超過容器容積的70～80%，一方面，這是由于通氣后液面會有所上升;更重要的原因是，預留部分空間可以避免泡沫馬上沖出罐體，為消除泡沫提供一段緩沖的時間。一般對越容易產生泡沫的體系，裝液量要越少。發酵罐頂部有一個額外的攪拌槳，稱為消泡槳，其作用就是通過機械作用消除泡沫。在多數情況下，僅憑消泡槳還不足以及時破壞所有的泡沫，因此通常還須進一步采用添加化學消泡劑的方法消泡。

    植物油、聚醚類非離子型表面活性劑都可以用于化學消泡，它們可以直接在配制在培養基中，也可以在發酵過程中根據需要加入，或者兩種策略同時使用。為了及時檢測泡沫是否達到預警高度，通常在發酵罐上方裝有液位電極，一旦泡沫達到相應的高度，就可以通過消泡控制裝置自動向反應器中流加消泡劑。

    通氣系統由無菌空氣制備系統、空氣分布裝置和出口氣體除菌系統組成。無菌空氣制備系統是一套相對獨立的復雜系統，這里不做介紹。

    細胞生長和代謝所需的無菌空氣通過空氣分布管引入發酵罐中。空氣分布管一般位于最下層的攪拌槳的正下方。為保證氣泡的分散，多采用帶小孔的環狀空氣分布管，環的直徑一般等于攪拌槳的直徑。在大型通氣攪拌罐中，攪拌槳尖附近的剪切力非常大，一般足以達到充分打碎氣泡的目的，為防止培養液中的固體物料或菌絲堵塞空氣分布管，對某些特殊的發酵體系有時采用向下開口的單孔管。

    在一些簡單的反應器中，氣體的排出只是通過一個簡單的閥門控制的。為避免染菌，必須調節空氣的排出閥以保證反應器內始終處于高于大氣壓的正壓狀態。一些精密的反應器則配備了出口氣體冷凝裝置和過濾裝置。